W środkowej, małej apsydzie nawy południowej świątyni znajduje się ołtarz dedykowany patronowi Polski i patronowi młodzieży – św. Stanisławowi Kostce. Przyścienny ołtarz składa się z dwóch części: z mensy i nastawy. Nastawa ołtarza obejmuje ośmiofiguralną grupę aniołów, którzy otaczają Świętego. Ten jezuicki nowicjusz został ukazany z profilu, w postawie klęczącej w chwili, gdy anioł podaje mu Komunię świętą. Jego postać znajduje się w centrum kompozycji. Nastawa ołtarza, podobnie jak w przypadku pozostałych bocznych ołtarzy, jest dziełem Karola Hukana. Gipsowo-alabastrowy biały ołtarz doskonale kontrastuje ze stiukowymi ścianami, wzorowanymi na włoskich dekoracjach okresu renesansu. Podobnie jak w pozostałych apsydach także i sklepienie tej zdobi secesyjna polichromia z motywami roślinnymi, zaprojektowana przez Jana Bukowskiego, a wykonana przez Karola Orleckiego.